Marqué par le Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo-3 et le sort de l'humanité est entre les mains de la NERV. Shinji Ikari est chargé de piloter l'EVA-01 et de combattre avec Rei Ayanami, pilote de l'EVA-00, mais son EVA-01 est endommagée par le Sixième Ange. Misato Katsuragi tente de canaliser toute l'électricité du Japon dans le fusil à positron de l'EVA-01 afin de vaincre l'Ange.