Un invité spécial arrive sur Sodor avec un projet secret. Les locomotives rencontrent de nouveaux amis et trouvent des vestiges cachés. Ensuite, leur courage est mis à l'épreuve lorsque leur nouvel ami Stephen disparaît. Thomas le retrouvera-t-il à temps ? Les locomotives découvriront-elles la vérité sur le plus grand mystère de l'île de Sodor ?