Dans un proche futur, les Galactors, un groupe d'extraterrestres dont la technologie surpasse de loin celle des humains, a envahi une grande partie de la Terre pour en piller les ressources. Un mystérieux cristal appelé Stone est le seul espoir de l'humanité pour les repousser. Ceux qui sont capables de faire ressortir la puissance qu'il recèle seront contraints de former un groupe, et deviendront des agents spéciaux appelés les «Gatchaman». Mi-ninja, mi-oiseau, ces cinq super-héros devront sauver notre univers face à cette agression extraterrestre...