Eleanor aime Conor, et Conor aime Eleanor. Que se passe-t-il lorsqu’un couple vivant en parfaite harmonie se retrouve soudain confronté à un événement tragique? Les deux films composant The Disappearance of Eleanor Rigby racontent la même histoire d'amour, adoptant le point de vue de Conor dans Him et celui d’Eleanor dans Her, se renvoyant l’un à l’autre et s’emboîtant comme les pièces d’un puzzle.