Maintenant que Slugterra est débarrassée de Blakk, tous les méchants de moindre importance réapparaissent au grand jour, comme Chef Ember qui s'empare du centre commercial. Cependant, le véritable danger se situe à l'Est où un sorcier, capable de posséder l'esprit des lanceurs et de fabriquer des goules, menace d'envahir les 99 cavernes.