En 2039, le réchauffement climatique a provoqué la montée du niveau des mers et la perte d'un grand nombre de territoires. En réaction, un mystérieux groupe de navires de guerre enveloppés de brume, "la flotte de la brume", est apparu aux quatre coins de l'océan et a commencé à attaquer les navires humains. Bien que l'humanité ait rassemblé toutes ses forces, elle fut totalement vaincue par la force écrasante de la Brume. Toutes les routes commerciales de l'humanité furent bloquées par la flotte de brume, leur économie politique fut détruite et la race humaine fut progressivement battue. Sept ans plus tard, le sous-marin I-401 de la Flotte des Brumes apparaît devant le cadet Gunzo Chihaya. La forme de vie humanoïde qui pilote le sous-marin, qui devrait être leur ennemie, offre au contraire ses services à l'humanité.