Doraemon et ses amis ouvrent une faille dans le temps et voyagent au Pays de Mayana, une civilisation maya perdue dans la jungle. Là, Nobita connaîtra son parfait double, le prince Thio, héritier du trône. Les deux décideront d'échanger des papiers pour essayer de sauver au Pays de Mayana des griffes de l'infernale sorcière Ledina et ses forces perverses.