Nous sommes en 2099, le tumulte règne partout et le Japon est dominé par une société secrète. Une mystérieuse jeune fille appelée Shin parcourt le pays et ses contrées reculées. Il y a une enquête, une infiltration, une alliance et une trahison. Que va devenir le Japon avec ses dirigeants, le hors-la-loi et la Tortue verte ?