Lorsqu'elles sont accidentellement transportées à l'ère jurassique, les Tortues Ninja doivent se frayer un chemin à travers les dinosaures préhistoriques pour rentrer chez elles, tout en affrontant de dangereux extraterrestres venus du futur qui ont un plan infâme pour elles. Mais les choses se compliquent encore avec l'arrivée des Triceratons, Bebop et Rocksteady.