Lorsqu’une épidémie de grippe canine envahit la ville japonaise de Megasaki et menace de contaminer les hommes, le maire ordonne la mise en quarantaine de tous les chiens. L’île poubelle devient : l’Île aux Chiens. Un jeune garçon de 12 ans, Atari, se rend sur place à la recherche de son chien perdu, Spots. C’est alors qu’il fait la découverte, à l’aide d’une meute de cinq chiens, d’une conspiration qui menace la ville.