Alors que la guerre fait rage entre la Fédération Terrienne et le Duché de Zéon, deux hommes, Io Flemming et Daryl Lorenz, se font face au sein du secteur Thunderbolt. Ce secteur, où se trouvait autrefois une colonie spatiale, est désormais réputé pour être extrêmement dangereux en raison de l’âpreté des combats qui s'y déroulent, mais aussi des débris qui jonchent la zone.