Fate/Prototype est, comme son nom l'indique, un OAV réalisé pour rendre hommage au prototype qui a inspiré Fate/stay night. Kinoko Nasu avait eu cette première idée au cours de ses années de lycée. L'OAV de 12 minutes a été réalisé en 2011 et était disponible en bonus dans un DVD/Blu-ray de Carnival Phantasm. L'histoire est celle de Ayaka Sajou, une jeune fille qui vit seule depuis la mort de son père et de sa soeur. Un jour, elle est attaqué par un homme étrange du nom de Lancer. Mais, alors qu'il était sur le point de la tuer, elle est miraculeusement sauvée par un homme apparu de nulle part : son servant, Saber.