Les trois frères découvrent que l'expérience humaine interdite après la destruction de l'"Orochi" est toujours en cours pour faire revivre secrètement le serpent maléfique. Ils découvrent également que d'anciens membres du Yamainu (l'unité militaire japonaise formée pour tuer le serpent) sont derrière cette conspiration. Les frères se battent à nouveau ensemble dans une bataille contre les militaires.