Dans le monde imaginaire de Windaria à une époque inconnue, les deux royaumes d’Isa et de Paro cohabitent en paix au pieds de l’arbre de vie géant, Windaria. Itha, un royaume maritime riche, est gouverné par l’impératrice Guinebia. Paro, au contraire, est un royaume qui souffre des maux de l’industrialisation, est gouverné par le roi Lanslot. Après une tentative avortée de prise de pouvoir par le Prado sur Itha, les deux royaumes sont sur le pied de guerre. Cela compromet la liaison secrète entre la princesse d'Itha et le prince de Paro qui avaient l'espoir secret d’unir les deux royaumes.