À l'époque où les samouraïs et les ninjas existaient au Japon, Rikka Isurugi est née et a grandi dans un clan ninja isolé de la société. Elle rencontre bientôt Miya, une jeune fille dotée d'un pouvoir mystérieux, qui a été retrouvée perdue dans les montagnes. Craignant que quelqu'un poursuive Miya, Rikka demande également au chef du clan ninja Isurugi la permission de venger la mort de son père. Rikka est bientôt confrontée au danger avec l'attaque du groupe Negoro, mais...