Dans le Japon de l'après-guerre, à Suo, une ancienne capitale vieille de mille ans, au printemps 1955, une petite fille de neuf ans nommée Shinko s'amuse à imaginer le monde tel qu'il était il y a mille ans, grâce aux histoires de son grand-père qu'elle affectionne. Une nouvelle élève timide et réservée, Kiiko Shimazu, est transférée en cours d'année dans son école. Les deux fillettes vont se lier d'amitié et partager d'inoubliables expériences, grâce à la Magie Millénaire.