Octobre UC0083. Malgré la fin de la Guerre d'Un An et la capitulation de leur armée, une poignée de survivants des Forces du Duché de Zéon continue de comploter dans l'ombre. Menés par un amiral fanatique et organisés en guérilla, ils montent l'opération « Stardust » dans le plus grand secret. Koh Uraki, jeune pilote d'essai des Forces Fédérales, va connaître l'enfer de la guerre le jour où les Forces de Zéon attaquent la base de Torrington. Commence alors une longue course-poursuite à travers l'espace, où l'ennemi se cache et avance ses pions sur un échiquier à l'échelle stellaire!