L'histoire se passe aux États-Unis. Wallace est un Digisauveur qui vit aux USA, mais contrairement aux autres enfants, il possède deux Digimons. Malheureusement, l'un d'entre eux a été contaminé par un virus, le rendant peu à peu maléfique. Quelques années plus tard, Hikari et Takeru sont en voyage à New York quand Hikari ressent une étrange présence. Les adolescents tombent nez à nez avec le Digimon maléfique, puis sur Wallace qui semble être le seul capable de l'arrêter. Les Digisauveurs japonais vont alors se rassembler pour l'aider.