En 1971, un avion avec 92 passagers à bord disparaît dans la jungle péruvienne sans laisser de traces. Douze jours plus tard, Juliane Koepcke, une jeune fille de 17 ans, réapparaît. Werner Herzog, qui devait prendre ce même vol, ce jour-là, rencontre cette seule survivante et, ensemble, ils refont le trajet de la jeune fille à travers la jungle…