En 2040, un jeune homme, Reito Mizuhara, victime d'une maladie rare est plongé dans un sommeil cryogénique pour 5 ans le temps qu'un remède soit trouvé. Il promet à sa copine d'enfance, Erisa, qu'ils se retrouveront à son réveil. Quand on le réveille en 2045, il découvre un monde dans lequel 99,9 % des hommes ont disparu suite au virus MK et est peuplé quasi uniquement des 5 milliards de femmes restantes !