Mystère et compagnie est dissous mais les aventures continuent. Bien malgré eux, Scooby-Doo, Scrappy-Doo, Sammy et Daphné se retrouvent dans un village de loups-garou où ils rencontrent Flim-Flam, le nouveau membre de leur équipe, et l'étrange Vincent Van Ghoul. Manipulés par un duo de fantômes comiques, Scooby et Sammy ouvrent un étrange coffre au trésor et libèrent sur la Terre d'anciens démons. La tâche de capturer de nouveau les monstres incombe alors au nouveau groupe, avant que la Terre ne sombre dans le Chaos. Mais les anciens détectives sont-ils capables de faire face à de vraies puissances surnaturelles ?