En l'an 2999, dans une époque où les vaisseaux de bataille sont devenus monnaie courante, deux factions s'affrontent : les Terra contre les Ness. Yamamoto Yohko, pilote pour l'une d'entre elles, est une adolescente arrogante qui, un jour, est aspirée dans une anomalie temporelle qui la renvoie, elle et son équipage, à notre époque, soit près d'un millénaire en arrière.