Dans la petite ville de Crystal Cove, Fred, Véra, Daphné, Sammy et Scooby-Doo forment un groupe de détectives chargés de résoudre les plus grands mystères de la ville plus hantée de la terre. Le mystérieux Mr. E égrène de nombreux indices sur les énigmes que cachent les lieux que les cinq amis se font un malin plaisir de découvrir.