Sur la planète Mobius, se trouve une ville nommée Robotropolis qui s'appelait avant Mobotropolis. Après la naissance des enfants de la reine Éléonor, le Dr Robotnik a introduit sa technologie. Les gens du peuple furent robotisés et réduits à l'esclavage. La reine et ses enfants durent se cacher. Un jour, elle alla voir l'oracle de Delphes qui lui fit une prophétie où Robotnik ne régnerait plus, mais pour que la prophétie se réalise un jour, elle devait abandonner ses enfants. Sonic, son fils aîné, est recueilli par une famille de clandestins puis chez son oncle Chuck ; Sonia, sa fille, par une noble ; et Manic, son fils cadet, se fait enlever et a été élevé comme un voleur. Un jour, l'oracle révèle à Sonic le pouvoir des médaillons et qu'il a un frère et une sœur. Il leur remet une carte indiquant la route à suivre avant de disparaître. Sonic, Sonia et Manic partent alors à la recherche de leur mère.