Sammy, Scoubidou et le neveu de celui-ci, Scrapidou, épaulent Daphné, devenue reporter pour un magazine à destination des jeunes. Bien sûr, ils vont être encore confrontés à de nouveaux mystères... et malheureusement pour eux, de nouveaux monstres ! Les deux saisons de "Mystérieusement Vôtre, Signé Scoubidou" sont à l'origine deux séries différentes, "The New Scooby and Scrappy Doo Show" et "The New Scooby-Doo Mysteries", mais étant dans la même continuité, elles finiront par être considérées comme une seule et même série : "The All-New Scooby and Scrappy-Doo Show".