L'histoire commence en 1991, des années avant les événements de NCIS, et suit le jeune Leroy Jethro Gibbs. Débutant sa carrière en tant que nouvel agent spécial au bureau du NCIS à Camp Pendleton, Gibbs se fait une place au sein d’une équipe hétéroclite et courageusement dirigée par la légende du NCIS Mike Franks.