Enfant né d'une union interdite entre une humaine et une arme biologique appelée Gear, Sin Kiske vit dans un monde où la magie a remplacé la science et où les cicatrices de la rébellion des Gear persistent. Alors qu'il assiste au mariage de ses parents, il rencontre une mystérieuse jeune fille vouant une haine profonde aux Gears. Leur rencontre risque de bouleverser le monde, une fois de plus...