Jirô est un jeune garçon capable de parler aux animaux, élevé par son grand-père et formé en tant que ninja. Rejeté pour sa différence, il trouve refuge auprès des animaux et les protège. Un jour, il recueille Ragô, un chat noir blessé, mais découvre qu’il est en réalité un mononoke, un esprit traqué par une organisation mystérieuse. Sans hésiter, Jirô décide de l’aider.