Maintenant diplômés, une bonne partie des membres du Genshiken ont laissé un vide derrière eux après leur départ que Ogiue, la nouvelle présidente du club, doit essayer de combler. Avec Ohno, Sue et Kuchiki, elle tente de trouver le meilleur moyen d'attirer du monde lors de la journée consacrée aux nouveaux étudiants. Grâce à ses talents de dessinatrice et au cosplay, trois nouvelles têtes rejoignent l'aventure dont Hato, un jeune garçon qui aime s'habiller en fille. Une nouvelle génération, plus féminine que jamais, se met ainsi en marche.