Marcus Daimon, adolescent et combattant des rues invaincu, fait la rencontre d'Agumon, qui tente en parallèle de fuir la Digital Accident Tactics Squad (DATS), une organisation gouvernementale secrète ayant pour mission de défendre le monde réel face aux menaces en provenance du digimonde. À la suite d'un combat acharné, les deux protagonistes se lient rapidement d'amitié, puis, après une petite série d'événements, sont recrutés par le directeur de la DATS, Richard Sampson. Les deux jeunes recrues font désormais équipe avec Thomas H. Norstein et son partenaire Gaomon, et Yoshino Yoshi Fujieda et sa partenaire Lalamon. Au fil des épisodes, Thomas découvre qu'en réalité les digimon se défendent face à la noirceur des humains.