Ère cosmique 073, un groupe de Coordinateurs, fidèles aux idées de Patrick Zala, tentent de détruire la Terre en faisant chuter les débris de Junius-7. Grâce au Minerva, le pire est évité, mais les débris restants provoquent de violent tsunamis. Selene McGriff, coordinatrice et chercheur sur Terre, est prise dans l'un d'eux, mais parvient à survivre. Elle tente alors de rejoindre la base de la DSSD (Deep Space Survey and Developpement) avec son ami Edmond Duclos. Mais Phantom Pain et ses Naturels Extentded veillent.