« Kōkaku no Regios » se situe dans un monde pollué et dans lequel des créatures appelées « Limbeekoon » terrorisent l'humanité. Un jeune homme se nommant Layfon Alseif s'inscrit en tant qu'étudiant de rang D dans une des villes mobiles isolées (appelée Regios), la ville Académie de Zenri. Peu après son arrivée, il se fait remarquer par Nina Antalk, chef de la 17ème Unité d'Arts Militaire. Unité qu'il intègre.