Il était une fois… l'Homme raconte l'histoire de l'humanité, des origines de la vie jusqu'à la fin du XXe siècle. Les principales étapes historiques sont abordées en mettant en scène une cellule familiale, mélangeant les grands points de l'histoire et de la vie quotidienne. Outre les commentaires hors-champ, une horloge, dotée de deux yeux, de deux bras et parfois d'une bouche, permet de se repérer dans la chronologie en indiquant la date correspondant aux événements évoqués.