L’histoire nous emmène dans la vie de Shirô Emiya, un jeune homme élevé par un mystérieux magicien après la mort tragique de ses parents. Shirô est devenu un lycéen solitaire capable de réparer les objets d'instinct et de lancer quelques sorts. Au cours d’une nuit mouvementé, il est entraîné dans une féroce bataille entre deux magiciens mais Shirô réussi à invoquer Saber, une redoutable épéiste pour le protéger. Il se retrouve alors dans une guerre impitoyable pour la quête du Saint Graal, une relique qui exaucerait les vœux.