Kaito Kuroba est un jeune lycéen dont le rêve est de devenir un aussi bon magicien que l'était son père avant de mourir. Huit ans après ce drame, il active, par hasard, un mécanisme et entre dans une pièce secrète. Il découvre que son père a été un voleur sous le nom de Kaitō Kid et qu'il a été assassiné par une mystérieuse organisation. Kaito décide donc d'enfiler le costume de son père et de devenir le Kid à son tour, son but étant de retrouver les assassins de son père. Il découvrira que l’assassinat de son père a été organisé par une organisation d'hommes habillés en gris qui serait à la recherche d'une pierre contenant elle-même la pierre de Pandore et qui aurait la capacité de donner la vie éternelle. Kaito décidera alors de la trouver avant eux et de la briser de ses propres mains.