La ville de Lux, construite dans les profondeurs de la Terre, est devenue « une cité abandonnée » depuis que la surface l'a oubliée. Ses habitants y vivent dans la peur et le désespoir tandis que les gangs dirigent la ville. Ceux-ci contrôlent également la « Texhnolyze », une technologie qui permet de remplacer les membres du corps humain par des prothèses cybernétiques. Le destin de ce monde va se jouer entre quatre personnages : Ohnishi, le caïd de la ville, Ran, une jeune fille aux pouvoirs de divination, Yoshi, un mystérieux visiteur et Ichise, un boxeur mutilé. La « Texhnolyze » les sauvera-t-elle ou les mènera-t-elle à leur destruction ?