En 1999, une équipe de scientifiques de l'ONU tente d'exploiter une nouvelle ressource énergétique sur une île déserte appelée Samsara. Incognito, ils ouvrent un portail vers un autre univers, libérant ainsi des entités biomécaniques dormantes. Trois ans plus tard, Takuya Goroza revient sur l'île de Sansara, poussé par une mystérieuse demande de Haruka Alford, une camarade d'université. Il est loin de se douter que son vieil ami n'est pas ce qu'il semble être...